Selain kegiatan belajar mengajar (KBM) yang dilangsungkan di pagi sampai siang hari sebagai bagian dari kegiatan reguler. Siswa siswi SMAIT Al Huda juga wajib mengikuti KBM pondok. KBM pondok pesantren dilaksanakan setelah sholat isya’. Adapun materi-materi yang disampaikan pada KBM pondok pesantren adalah nahwu shorof, riyadhus shalihin, fiqih dakwah, dan murojaah.
Materi nahwu shorof dimaksudkan untuk penguasaan materi bahasa Arab yang lebih mendalam. Dengan mempelajari tata bahasa Arab diharapkan nantinya para siswa dan siswi lebih fasih dalam mempraktekkan percakapan dalam bahasa Arab. Materi riyadhus shalihin merupakan materi bedah kitab karangan Imam Nawawi. Dimaksudkan untuk memberi khazanah ilmu tentang ke-Islam-an, baik dari aqidah sampai muamalah.
Materi fiqih dakwah merupakan pemberian bekal kepada siswa dan siswi dalam rangka memberikan kemanfaatan yang lebih besar kepada masyarakat. Materi ini diberikan dalam rangka mendukung visi sekolah. Bahwa menjadi seorang muslim berkarakter itu salah satunya harus mau menyebarkan kemanfaatan itu kepada orang-orang disekitarnya.
Kegiatan murojaah ini dilaksanakan untuk melakukan review atas ayat-ayat al quran yang sudah berhasil dihafalkan oleh siswa. Siswa yang melakukan murojaah akan digilir, sehingga semua siswa mendapat giliran untuk murojaah. Murojaah ini dilaksanakan dalam rangka menjaga hafalan siswa.
Selain kegiatan KBM pondok, ada kegiatan rutin lainnya yang merupakan KBM pondok. Kegiatan lainnya adalah membaca al ma’tsurat pagi dan sore, serta membaca al quran setelah sholat ashar, maghrib, dan subuh.